「医療費明細の自己負担額」と「医療機関等の窓口で支払った金額」では、端数処理の違いがあるため、金額が一致しない場合があります。

医療費明細は、厚生労働省の作成基準に基づいて作成されており、診療報酬明細書（レセプト）の診療報酬点数に単価（10円）を乗じて算出される医療費の総額に自己負担割合を乗じて算出されるため、10円未満の金額まで表記されます。

医療機関等の窓口で支払う医療費の額は、健康保険法第75条で10円未満の金額について端数を四捨五入することとなっています。

【ご参考】確定申告については、国税庁HPより以下の見解が示されています。

「医療費通知」上の自己負担額と窓口で実際に支払った医療費の額が 相違する場合がありますが、「医療費通知」に記載された「被保険者等が支払った医 療費の額」に基づいて医療費控除の額を計算して差し支えありません。 なお、医療機関等の窓口で実際に支払った金額により医療費控除の額を計算して も差し支えありません。
No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）｜国税庁

確定申告については、税務署へお問い合わせください。